Suprafaţa mucilaginoasă a cyanobacteriilor, la care se adaugă morfologia filamentoasă a acestora, conferă acumulărilor de material bacterian caracteristici de capcane pentru particulele fine din suspensiile detrice. Pe lângă acestă acreţie de particule detritice, cyanobacteriile pot induce precipitarea extracelulară sau intracelulară a carbonatului de calciu. Laminaţia caracteristică apare ca un rezultat al fluctuaţiilor în cantitatea de suspensii din apă, a ratei de sedimentare şi eroziune, a salinităţii apei, a luminii.

Cele mai multe stromatolite sunt în exclusivitate carbonatice şi se datoresc activităţii cyanobacteriilor Schizothrix, Scytonema şi Entophysalis, care trăiesc în zone lacustre, supratidale sau intertidale din regiuni tropicale şi subtropicale şi constituiesc structuri laminare fixate. Creşterea stromatolitelor este înhibată în condiţiile unei sedimentări prea lente sau a unor suspensii cu diametre mai mari, care nu pot fi înglobate de filamentele bacteriene; de asemenea existenţa curenţilor cu viteze mai mari de 15-20cm/s împiedică dezvoltarea domurilor algale. Dezvoltarea pe verticală a structurilor stromatolitice este stimulată de un produs de activitate ridicat de CaCO₃ şi de posibilitatea de precipitare directă, chimică şi/sau biochimică a acestuia sub formă de aragonit sau calcit magnezian (5-10% MgCO₃) care cimentează păturile bazale.

Caracteristici: Structurile stromatolitice sunt stratificate şi constau dintr-o alternanţă de lamine cu grosimi milimetrice, alcătuite din materie organică, silt, micropelete, microblaste carbonatice şi necarbonatice şi cristale de carbonaţi.. Forma laminaţiei este paralelă sau ondulată, convolută, uneori cu aspect nodular sau columnar de dom. Grosimea totală a unor astfel de acumulări poate atinge zeci de metri. Morfologia stromatolitelor este specifică şi derivă din caracterul izolat sau înlănţuit al domurilor - hemisferoizilor.